Gli organi di governo sono il Presidente e il Consiglio che programmano, indirizzano e valutano l'attività, in particolare tecnico-scientifica, dell'Istituto e dei dirigenti di livello più elevato.
Il Presidente è nominato con decreto del Presidente della Repubblica su proposta del Presidente del Consiglio, previa deliberazione del Consiglio dei ministri. È scelto fra i professori ordinari di materie statistiche, economiche e affini; la sua carica dura quattro anni e può essere rinnovata una sola volta.
È il rappresentante legale dell'Istituto per le questioni di carattere generale, sovrintende all'andamento dell'Istat e ne assicura il coordinamento tecnico-scientifico. Cura i rapporti istituzionali e con le organizzazioni internazionali. Verifica l'attuazione degli indirizzi espressi dal Consiglio, cui riferisce periodicamente.
